Основанные в 2011 году, охраняемые территории Джавахети включают Джавахетский национальный парк, управляемые заповедники Бугдашени, Ханчали, Мадатапа, Сулда и Карцахи. Общая площадь территории составляет 16 614 гектаров. Джавахетские охраняемые территории расположены в муниципалитетах Ахалкалаки и Ниноцминда.
В Джавахетском национальном парке можно увидеть уникальные виды флоры и познакомиться с их выдающимися представителями. Вблизи озёр можно спланировать 7 различных типов туров – пешие, автомобильные, велосипедные и конные маршруты и др.
В национальном парке обитает около 140 видов гнездящихся и перелётных птиц. Джавахетский национальный парк – единственная охраняемая территория в Грузии, где во время прогулки можно встретить фламинго.
На Джавахетском плато расположено множество озёр, среди них и самое большое озеро Грузии – озеро Паравани. Джавахетское нагорье считается самым холодным заселённым регионом Грузии. Зимой озёра Джавахети замерзают на длительное время.
На 7 туристических, конных и велосипедных маршрутах Джавахети оборудованы специальные наблюдательные башни для наблюдения за птицами, откуда в разное время года можно увидеть до 140 видов гнездящихся и перелётных птиц. Озёра, богатые различными видами рыб, идеально подходят для любительской рыбалки.